Kehadiran STAI HF Medan  pada awal berdirinya merupakan sekolah tinggi yang dikelola oleh Yayasan Pendidikan Islam Hikmatul Fadhillah Medan dengan Akte Notaris Irdhanila Hasibuan SH No. 03 tanggal 03 Agustus 2010, STAI HF Medan mulai beroperasi pada tanggal 27 November 2000. Program Studi Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah berdasarkan Surat Keputusan Direktorat Jenderal Perguruan Tinggi Agama Islam No. E/9/2002, tentang Izin operasional. Dengan izin ini, maka Program Studi Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah STAI HF Medan diberi wewenang untuk menyelenggarakan Program Studi Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah. Izin operasional tersebut diberikan berdasarkan pertimbangan bahwa perguruan tinggi ini didirikan dalam rangka menciptakan tenaga Pendidik yang profesional dan terampil dalam bidang Pendidikan Islam mencakup manajemen Bisnis Islam, Perbankan Islam dan Akuntansi Perbankan Islam serta Pelaksanaan Hukum-hukum Islam terutama dalam Hukum Keluarga yang sangat dibutuhkan di Indonesia. 

Ciri khusus STAI HF Medan ini dilatar belakangi oleh semangat untuk membangun dan memajukan putra-putri terbaik bangsa baik dilingkungan Propinsi Sumut Khususnya. maupun putra-Putri terbaik Nusantara. Dengan demikian, perguruan tinggi ini mengutamakan peningkatan Sumber Daya Manusia (SDM) dari pada mencari keuntungan belaka, bahkan dengan dukungan Pernerintah Daerah dan masyarakat serta komitmen yayasan untuk sarana dan prasarana perguruan tinggi, maka izin operasional itu dapat diraih dengan kegigihan yayasan untuk mendapatkan izin operasional.

Selanjutnya untuk mewujudkan Program Studi yang mandiri, maka diperlukan usaha serius untuk melengkapi berbagai persyaratan yang harus dipenuhi dalam pendirian Perguruan Tinggi baru. Bersamaan dengan itu penyempurnaan kurikulum, sistem perkuliahan, pendistribusian mata kuliah dan berbagai aktivitas dalam pengembangan Tri Dharma Perguruan Tinggi. Untuk pengembangan dan peningkatan mutu Program Studi, maka telah didatangkan dosen-dosen yang professional dan skill dalam berbagai disiplin ilmu baik dari Medan maupun beberapa pakar Pendidikan islam . Hal ini dilakukan karena masih langkanya tenaga professional dan pakar dalam bidangnya.

Pada awalnya Program Studi Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah melakukan aktivitasnya di Yayasan Pendidikan Islam Hikmatul Fadhillah jl.Denai No.176 Medan. STAI HF Medan dalam waktu yang tidak terlalu lama, telah melengkapi berbagai sarana pendidikan yang menjadi syarat untuk rnenghasilkan tenaga professional dibidangnya.